Dodelava čistilne naprave bo izvedena v več fazah. Za razširitev in rekonstrukcijo Centralne čistilne naprave (CČN) Novo mesto je predviden prostor sedanje CČN. Med izgradnjo ne bo prišlo do prekinitve čiščenja odpadne vode. Do kratkotrajnih prekinitev delovanja bo prišlo le pri vklopih novih sistemov v sistem čiščenja, do izrednih izpustov pa ne, saj bo čistilna naprava ustavljena le za krajši čas.